Один із найстаріших середніх навчальних закладів в Україні.

Колегіум заснований у 1700 році на базі слов’яно-математичної школи, переведеної з Новгорода-Сіверського. Фундатором колегіуму був церковний діяч, педагог і письменник Іоан Максимович. У закладі вчили латинської, грецької мов, історії, географії, математики, філософії.

Серед учнів були переважно діти козацької старшини та заможних міщан Лівобережжя.

Заснований з ініціативи відомих церковних і культурних діячів другої половини XVII – початку XVIII ст. Лазара Барановича та Іоана Максимовича за підтримки гетьмана Івана Мазепи, Чернігівський колегіум поряд з Києво-Могилянською академією та Харківським колегіумом був одним із визначних осередків просвіти і культури XVIII ст. в Україні.

Л. Баранович вирішив через занепад Києво-Могилянського колегіуму заснувати в Чернігові школу при архієрейському домі. Іоанн Максимович у 1700 р. реорганізував школу Л. Барановича в колегіум за зразком Києво-Могилянської академії. Колегіум у Чернігові був заснований І. Максимовичем при кафедральному Борисоглібському монастирі за безпосередньої підтримки та фінансування Івана Мазепи.

Колегіум в цей період називався на честь свого засновника “Архієпископо-Максимовичівським Чернігівським”:

Процес становлення Чернігівського колегіуму як навчального закладу розтягнувся на декілька років, бо в колегіумах панувала класна, а не предметна система викладання предметів, коли один учитель навчав всіх дисциплін і разом зі своїм класом поступово переходив від нижчого до вищого курсу. Так, починаючи з 1700 по 1705 р. протягом чотирьох років у Чернігівському колегіумі було відкрито 4 класи: три граматичні та клас поетики. В 1705 р. три класи мали назви skola infima, skola crammatika та skola syntaxis.